WordPressのカスタム投稿タイプのパーマリンクを自由に設定できる便利なプラグイン「Custom Post Type Permalinks」ですが、WordPressを 3.6にバージョンアップする際に最新の「0.9.3.2」にアップデートしたところ、「get_term_link()」や「wp_list_categories()」で出力していたカスタム分類（カスタムタクソノミー）アーカイブへのリンクが壊れてしまいました。

涙目になりながらいろいろと試したところ、

カスタム投稿タイプのパーマリンクの設定 > カスタム分類のアーカイブのパーマリンクを変更する。

にチェックを入れていた場合にのみ出力がおかしくなっているようでした。 僕の場合は

http://ドメイン/%post_type%/%taxonomy%/%term%/%postname%.html

という設定にしていたのですが、

http://ドメイン/post_type/taxonomy/term/

となるべきところが、

http://ドメイン//.html/post_type/taxonomy/term/

となっていました。

他のプラグインの影響等も考えいろいろと試したのですが修正できず、最終的にはプラグインを過去のバージョン（0.9.1）に戻すことでとりあえず以前どおりの動作に戻りました。

尚、プラグインの過去のバージョンのダウンロードは、Developersから行えます。

こちらで書いたのはあくまで一時しのぎ的なものなので、何か良い解決策をご存知のかたは教えていただけると嬉しいです。

ではでは。